毒品問題受到國際社會高度關注，蔡英文總統自105年上任後，即宣示毒品為國安問題，行政院續針對「以人為中心追緝毒品源頭、以量為目標消彌毒品」反毒概念，制定新世代掃毒策略，意欲清出毒品黑數，向上溯源追查藥頭，從源頭阻斷毒品供給，期能為國人創造健康無毒的生活環境。本局依循中央政策並參酌本市毒品犯罪特性，制訂「淨毒大臺南、打毒三策略」-「打藥頭、勤通報、常稽查」打毒策略，並成立「毒品查緝中心」與中央接軌。

「毒品查緝中心」成立的主要目的在於跨域整合，對外串聯司法、市政團隊、5力(義警、民防、志工、巡守、警友)等資源，區域聯防，建立全民友善通報網絡，挖掘出淺藏的毒品吸食者黑數，以協助他們尋求管道戒治，並分析轄區易涉毒熱點營業場所，結合市府各局處力量共同稽查，透過「第三方警政」力量，共同消彌涉毒營業場所，更持續整合各單位力量，全力查緝毒品犯罪，內部結合科技偵查隊、鑑識中心、資訊室三位一體，將民眾通報之毒品情資或查獲案件建立大數據資料庫及科技分析，確實向上溯源向下刨根，因地制宜查緝社區型藥頭及校園藥頭，力求將毒品趕出臺南市，跟市民共同合作，共創悠活無毒大臺南。