台江內海於尚未陸化之前，安南區只有北邊為海外沙洲，荷蘭據台時期，是荷蘭人鎮守『大員』與『台江』內海的重要據點，明鄭成功即是從鹿耳門登陸，趕走荷蘭人。
日治時期，安南區設「安順庄」，屬臺南州新豐郡管轄，臺灣光復後，屬臺南縣安順鄉，於民國35年（西元1946）年3月10日，行政區域調整，安順鄉劃歸臺南市管轄，取安順與台南合稱為「安南」區。
日治時期，安順庄屬新豐郡役所之警察課所轄，總共設有『媽祖宮』、『四草』、『土城仔』、『安順』、『和順』及『十二佃』等6個派出所。
台灣光復後，臺南州改稱為台南縣，新豐郡改稱為新豐區，台南縣警察局於民國35年（西元1946年）6月7日成立，原新豐郡役所之警察課，改稱為『台南縣警察局新豐區警察所』。
民國38年（西元1949）9月1日，各縣市轄下各區警察所改稱為警察分局，今管轄安南區的台南市警察局第三分局，乃告成立。
分局廳舍原址位於現址之東側，於民國74年（西元1985年）間，因廳舍老舊，重新改建於現址與安南消防分隊合署辦公。 消防分隊已於99年遷至安南區海佃路3段辦公。